Der Handlungsrahmen des Browsergames Desert Operations spielt in der nahe Zukunft, nach einer Art Drittem Weltkrieg, der aber ohne atomare Waffen auskam. Der Hintergrund des Spieles ist, dass sich die Europäische Union im Jahr 2012 zu einem Staat zusammengeschlossen hatte, dem Vereinten Europa, unterstützt von vielen asiatischen Nationen. Die Lage spitzte sich im Jahr 2013 zu und es kam zu einem Krieg zwischen verschiedenen Bündnissen der Welt, u.a. den USA, das Vereinte Königreich und eben jenes Vereinte Europa, nachdem ein tödlicher Anschlag auf den US-Präsidenten verübt wurde, der damit endete, dass sämtliche Regierungsformen zerstört wurden und einzelne kleine Truppen die Herrschaft übernahmen.

Als Spieler übernimmt man die Rolle des Chefs einer kleinen Militärbasis. Die Basis ist das Zentrum jedes Spielers und von dort aus wird alles aufgebaut. Die möglichen Aktivitäten sind weitere Gebäude zu bauen, zu forschen, Soldaten auszubilden und Feldzüge zu organisieren. Die eigene Basis befindet sich auf einer Insel mit maximal fünf weiteren Basen, die auch von menschlichen Spieler gesteuert werden. Nun kann man Allianzen beitreten und so auf friedliche Weise kooperieren oder auf eigene Faust feindliche Basen einnehmen.

Worauf man sich als Spieler zunächst aber konzentrieren muss ist das Ausbauen der Gebäude in der Basis. Die Anzahl der freigeschalteten Gebäude steigt dabei kontinuierlich. So kann man die eigene Siedlung Stück für Stück weiter ausbauen. Zudem können bestehende Gebäude stufenweise ausgebaut werden, was verschiedene Boni bringt. Ab eine gewissen Stufe kann man dann selbstständig Militäreinheiten herstellen. Die Kosten dafür werden durch sieben Rohstoffarten, die es im Spiel gibt, ausgedrückt. So stehen Geld, Öl, Diesel, Kerosin, Munition, Gold und Diamanten zur Verfügung. Außer Diesel, Kerosin und Diamanten bekommt man alle zehn Minuten etwas von Rohstoff gutgeschrieben, insofern man ein Gebäude hat, was diesen Rohstoff herstellt. Neue Einheiten muss man erst erforschen, was vor allem Geld kostet.
Die Rohstoffe Öl, Diesel und Kerosin werden nur für den Kriegsfall benötigt. Krieg führen kann man im Spiel sowieso erst, sobald man mehr als 20000 Punkte hat. so werden Anfänger geschützt, solange sie noch schwach sind. Auszubilden sind Einheiten in den drei klassischen Bereichen Infanterie, Marine und Luftwaffe, sowie spezielle Verteidigungsanlagen, denn das Militär bildet einen großen Bereich im Spiel.

Ziel des Spieles ist es so viele Gegner wie möglich zu zerstören und in der Spielerrangliste weit nach oben zu steigen. Dabei kommt es vor allem auf die richtige Strategie an, welche Bündnisse man eingeht, welche Kriege man führt und welche Gebäude man ausbaut.